Andre halvdel av 1000-tallet var en fredelig vekstperiode for Norge, noe Olav Kyrres regjeringstid vitner om, men tronfølgeordningen og endrede samfunnsforhold førte til borgerkriger på 1100-tallet. Med kirkens hjelp fikk stormannen Erling Skakke kronet sin sønn Magnus til konge i 1163. Mange så på dette som ulovlig siden Magnus ikke var kongssønn. Men snart ble Magnus drept av en annen tronkrever. Han het Sverre og var fører for en opprørsflokk som ble kalt birkebeinerne. Sverre kom i konflikt med kirken og ble lyst i bann av paven. Borgerkrigene sluttet da Sverres sønnesønn, Håkon Håkonsson, ble valgt til konge i 1217.

I middelalderen steg folketallet til om lag 400 000 i år 1300. Nye gårdsbruk ble ryddet, men folkeøkningen førte likevel til knapphet på ressurser. Bøndene gikk over fra å være selveiere til å bli leilendinger under kongen, kirken og adelen, men de hadde en friere stilling enn bøndene på europeiske gods.

På 1000-tallet vokste de første varige byene fram. Bergen var den viktigste gjennom hele middelalderen. Fra 1200-tallet var byene sentrum for handelen med hanseatene.

1200-tallet blir kalt storhetstiden fordi kongens administrasjon ble utbygd og litteratur og annen kunst blomstret. Storslåtte bygninger ble reist, og nye landområder lagt under Norges konge. Kongen styrte sammen med et kongsråd som bestod av stormenn og biskoper. På 1300-tallet ble kongsrådet kalt riksråd. I 1319 fikk Norge og Sverige felles konge, men de to landene skulle bestå som selvstendige riker.

I 1349 nådde svartedauden Norge. Pesten tok livet av mellom en tredjedel og halvparten av befolkningen. Seinere fulgte flere pestepidemier, og folketallet begynte ikke å ta seg opp igjen før på 1500-tallet. Avfolkningen gjorde at det ble godt med ledig jord, og en storstilt flytting tok til. Jorda i de sentrale bygdestrøkene var den mest attraktive, mens nyryddingsbruk og gårdsbruk til fjells og i utkantområder ble liggende øde. Jordeierne måtte senke landskylda for å få leid ut jorda, og bondebefolkningen fikk mer igjen av det de selv produserte.

Fra 1380 hadde Norge felles konge med Danmark, noe som varte til 1814. Margrete Valdemarsdatter samlet hele Norden i Kalmarunionen, men svenskene klarte i lange perioder å holde seg utenfor unionsfellesskapet. Norge derimot, ble gradvis underlagt Danmark. De fremste posisjonene i landet ble ofte gitt til folk som ikke var nordmenn. Denne utviklingen endte med at det danske riksrådet i 1536 bestemte at Norge ikke lenger skulle være et eget rike, men en dansk provins. Året etter måtte den siste katolske erkebispen i Norge, Olav Engelbrektson, forlate landet.